A actividade científica da maioria dos docentes do Departamento de Matemática é desenvolvida no Centro de Matemática e Aplicações (CMA). O seu trabalho de investigação abrange quatro grandes áreas: Álgebra e Lógica; Análise; Investigação Operacional; Estatística e Gestão do Risco. O CMA está integrado na Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa e é financiado pela Fundação para a Ciência e Tecnologia. Para além dos investigadores do Departamento de Matemática, este centro conta com a colaboração de diversos investigadores pertencentes a várias universidades portuguesas e estrangeiras. Na última avaliação realizada pela Fundação para a Ciência e Tecnologia o CMA obteve a classificação de Muito Bom. Os restantes membros deste departamento desenvolvem a sua actividade científica integrados na Unidade de Investigação Educação e Desenvolvimento (UIED) ou de forma autónoma.
